本校於民國四十四年秋創辦,初為省立花蓮女中分部,四十九年十一月改制為花蓮縣立吉安初級中學,郭寶祥先生為首任校長。
五十七年實施九年國教,改為花蓮縣立吉安國民中學。溯自創辦至今逾六十年。
歷經郭寶祥先生、李慕懷先生、曾慶裕先生、洪富盛先生、李文成先生、簡富雄先生、盧鎮岳先生、李明華先生、田清華先生、危正華女士等諸位校長及教職員工之努力,奠定了良好的基礎。
現任校長留啟民於民國 108 年 8 月到任,除秉持優良傳統繼續發展校務外,將發揮「有教無類、適性揚才」的精神,並以「成就每一個孩子」為目標,培育具有自主學習、多元智慧且能適應環境及關懷社會的未來人才,實現學校願景「品德、健康、卓越、多元」之目標。
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